Ο Μανώλης Αγιομυργιαννάκης, Κρητικός στην καταγωγή, αλλά πολιτογραφημένος Αμαλιαδίτης στις συνειδήσεις όλων, γεννήθηκε στο Ηράκλειο, μέλος πολύτεκνης οικογένειας. Σπούδασε στο μαθηματικό τμήμα του Πανεπιστημίου Πατρών. Μετά τη στρατιωτική του θητεία εγκαταστάθηκε μόνιμα στην Αμαλιάδα, τόπο καταγωγής της συζύγου του, με την οποία απέκτησε 3 παιδιά.